کتاب نظام اخلاقی اسلام در شرح دعای مکارم الاخلاق مجموعه سخنرانی‌های استاد درباره جایگاه نظام‌ها در دین، به‌خصوص جایگاه نظام اخلاقی است. که این بحث از منظر استاد با توجه به دعای مکارم الاخلاق مطرح گردیده است.

و بیان شده که چگونه «معرفت و یقین» به همراه «محبت و ایمان» با «نیت و عمل» آدمی ترکیب می‌شود و سپس این ترکیب، سیئات و زشتی‌ها را به حسنات و نیکویی‌ها تبدیل می‌کند.

کتاب نظام اخلاقی اسلام در شرح دعای مکارم الاخلاق در سه فصل تنظیم شده است.

در فصل اول، طرح نظام‌‏ها و ارتباطشان با نظام اخلاقی تبیین شده است.

مؤلف، بعضی از مباحث فلسفه‏ اخلاق و مکاتب اخلاقی را بررسی، و سپس با نقد مکاتب مختلف، نظریه‏ نظام اخلاقی اسلام را مطرح کرده است.

در فصل دوم با توجه به موضوع کتاب، به‌صورت مستقل به بحث دعا پرداخته شده است.

فصل سوم مروری است بر دعای مکارم الاخلاق، و ذیل سه بخش «در خلوت خویش»، «در حضور جمع» و «در حضور حق» تنظیم شده است.