موضوع کتاب نهادهای علمی در تمدن ایرانی - اسلامی مطالعه تطبیقی درباره مدارس، نهادها و مراکز فرهنگی و آموزشی در تمدن اسلامی و دیرها، صومعهها، مدارس جامع کلیسایی و دانشگاهها در قرون وسطی مسیحی است. در این پژوهش دو هدف کلان مورد نظر است.
تمدن اسلامی" در طول چندین قرن، در جغرافیای جهان سیطره و در جهان اسلام مرکزیت داشته است و مسلمانان و نظام اسلامی در آن توانسته بودند با ظرفیتهای مادی و معنوی خود موجب جریانات فکری و فعالیتهای علمی و عملی متنوع بسیاری باشند. به تعبیری، تمدن را می توان در ابعاد سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی، در کنار ابعاد علمی و جلوههای مادی آن دید. این تعبیر بر این نکته اشارت دارد که مسلمانان در همه این ابعاد به لحاظ علمی و عملی سرآمد بوده و از همه ظرفیتهای مادی و معنوی و نیروهای انسانی که ویژگی هر تمدن غالب است، استفاده کردهاند.
در تعبیر دیگر، تمدن به معنای رشد و شکوفایی علمی است؛ یعنی مسلمانان از جهات مختلف، اعم از تربیت دانشمندان پیشرو و متفکر در حوزههای مختلف دانش و علم، ساخت ابزارآلات پیشرفته، وجود زمینه و بسترهای رشد علمی و همچنین آثار و نتایج مادی علوم (معماری، بیمارستانسازی، دانشگاه و مدرسهسازی و ساخت مساجد و ...) موفق و سرآمد بودهاند.