کتاب مکتب در فرآیند نواندیشی مطالعه و تحقیقی است درباره نظرات محسن کدیور در حوزه شیعه شناسی. این کتاب، نوگراییِ های محسن کدیور در سه قلمروی امامت، فقاهت و مکاتب را بازخوانیِ انتقادی می کند. کدیور در عرصه فقاهت نیز نظرات و نوآوری هایی دارد؛ برای مثال، حجاب ضروریِ زن را از زیر گردن تا زانو و از کتف تا آرنج می داند و مصافحه با زنان بیگانه را مجاز میشمارد. او در تحلیلِ مکاتب و تعامل با اندیشه های مهاجم نسبت به شیعه نیز دیدگاه هایی تأمل برانگیز پیش مینهد.
کتاب مکتب در فرآیند نواندیشی در سه بخش و سه پیوست تدوین و نگاشته شده است: «نواندیشی در حوزه امامت»، «نواندیشی در حوزه فقاهت» و «نواندیشی در حوزه مکاتب و فرق». «معمای استحاله» و «نواندیشی سکولار» و «الهیات دگراندیشی» نیز عناوین سه پیوست کتاب هستند.
بخش اول کتاب در 12 فصل تنظیم شده است: جایگاه نصب الهی و نص نبوی در امامت، جایگاه عصمت در امامت، جایگاه علم غیبی و الهی در امامت، جایگاه ولایت باطنی و تکوینی در اندیشه امامت، جایگاه شئون فرابشری در ساحت امامت، شناخت اصحاب از امامت و صفات فرابشری، استحاله تشیع و تحول ماهوی در مفهوم امامت، نظریه علمای ابرار و نسبت آن با امامت، سلب اصالت و حجیت از منابع اعتقادی شیعه، نگاه کلان به شیعه شناسی کدیور و جمع بندی. در این بخش نویسنده اقتباس و الهام کدیور از نظریه و کتاب مکتب در فرآیند تکامل مدرسی طباطبایی را بیان می کند.
بخش دوم کتاب در دو فصل تنظیم شده است: گستره حجاب در شریعت اسلامی و مصافحه با زن نامحرم از نگاه شریعت. بخش سوم هم در سه فصل به تبیین و نقد نظریات کدیور درباره بهائیت، وهابیت و مدرنیسم می پردازد. مؤلف کتاب های دیگری همچون کتاب های «ارتقای مرجعیت شیعه» (نقد کتاب ابتذال مرجعیت شیعه محسن کدیور) و «اسلام رحمانی» را نیز تألیف کرده است.
هرچند در طرح و بررسی، مبدأ انکار عصمت در جهان اسلام را مقدم داشتیم؛ ولی بی گمان گرته برداری از متون مغرب زمین و تقلید از منتقدان مسیحیت، مهم ترین منبع الهام بخشی است که دگراندیشان دینی را در پروسه ی عصمت زدایی دست می گیرد و سمت و سو می دهد. به دلیل اهمیت و اصالتی که روشنفکری دینی در جهان اسلام و ایران برای رفرمیسم دینی اروپا و پروتستانیسم مسیحیت باور دارد، الهام و اقتباس از اندیشه ی غرب در همه ی عرصه ها و از جمله در انکار عصمت انبیا، جایگاهی راهبردی و تأثیری حیاتی دارد.
در پی رنسانس و شکسته شدن حصارها و کنترل های سنگین کلیسایی که به زایش جریان های انتقادی دینی و اجتماعی و سیاسی انجامید، متفکران با انبوهی از تناقض و تعارض آموزه های دینی در کتاب مقدس مواجه شدند که سر ستیز با علوم تجربی و فلسفی داشتند.