کتاب امامت در اندیشه محقق طوسی به گزارش و نقد شبهات فاضل قوشچی بر آراء خواجه نصیرالدین طوسی در مبحث امامت اختصاص یافته است. یکی از متون شاخص علمی که امامت در آن به عنوان یک اصل اعتقادی و در قالب مبحثی مستقل ارائه شده، کتاب «تجرید الکلام فی تحریر العقاید الاسلام» تألیف خواجه نصیرالدین طوسی است.
این اثر کم حجم ولی نفیس، به جهت غنای بی مانندش توسط چند تن از حکما و متکلمان پس از ایشان، شرح و بسط یافته و برخی از این آثار، متن درسی حوزه های علمیه بوده است. یکی از این شروح، شرح فاضل قوشچی، از متکلمان اشعری متوفای قرن نهم هجری، است. در این اثر شبهات فاضل قوشچی بر بخش امامت تجرید الاعتقاد پاسخ داده شده است.
خواجه این حقیقت را دریافته بود که انحطاط فکری مسلمانان به حدی رسیده که از علم چیزی جز پوسته بدون مغز نزد آنان باقی نمانده و آن ها علم را منحصر در فقه و حدیث کرده اند و سایر معارف بشری را که دین بزرگ اسلام همواره مشوق آن ها بوده است، تحریم نموده و از علوم عملی به طور کامل دست کشیده اند.