کتاب جریان شناسی فکری ایران معاصر به یکی از مهم ترین و پرجنجال ترین مباحث علمی معاصر پرداخته و جریان های روحانیت سنتی، مکتب تفکیک، سنت گرایی، تجددستیزی سنتی، تجددستیزی فلسفی، فرهنگستان علوم اسلامی و روشنفکری را تبیین و تحلیل کرده است.
جریان اصیل اسلامی در کتاب جریان شناسی فکری ایران معاصر با عنوان عقلانیت اسلامی، معرفی و مؤلفه های آن بیان شده است. نقدها و بیان آسیب های جریان های پیشگفته، نه به قصد عیب جویی که برای تحقق فضای گفت و گوی و آزاد اندیشی و کشف جریان اصیل اسلامی بوده است.
جریان، عبارت است از تشکل، جمعیت و گروه اجتماعی معینی که علاوه بر مبانی فکری، از نوعی رفتار ویژه اجتماعی برخوردار است. بنابراین، اندیشه نظام مند یک شخصیت علمی که به صورت تشکل اجتماعی ظاهر نشده ، جریان نامیده نمی شود. پس اجتماعی بودن و داشتن جمعیت یک تشکل از ویژگیهای مهم یک جریان اجتماعی به شمار می آید. اندیشه مشخص، رفتار معین و مرتبط با آن اندیشه ، ویژگی های دیگر جریان های اجتماعی است.