فلسفه وجودی حوزه های علمیه تشیع، شناخت جامع از دین کامل الهی، تبیین و شناساندن جامع و کاربردی آن به جمیع جوامع بشری است به صورتی که مردم بتوانند دین را در زندگی مصرف کنند و زندگی آنها با عنوان «زندگی دینی » مسمی بشود. از سوی دیگر حوزههای علمیه باید پاسخگوی نیازهای جوامع به خصوص حکومت و دولت اسلامی به معنای واقعی کلمه دولت اسلام باشد. امید است این طرح گامی بلند برای انجام تحول صحیح و راستین در حوزه های علمیه باشد. برنامه راهبردی تحول در نظام آموزشی حوزه با مباحثی چون توضیح مبنا و وضعیت موجود، توصیف وضعیت مطلوب و راهبردهای حرکت تحوّل آفرین از وضعیّت موجود به وضعیّت مطلوب این مساله را پی گرفته است.
از آن جایی که دانایی محوری به تنهایی تحوّل آفرین نیست، به استناد (العلمُ یُرشدُک و العملُ یَبلُغُ بک الغایة)، آن چه می تواند وضعیّت موجود را به سوی وضعیّت مطلوب حرکت دهد «مهارت محوری » است که عنصر اصلی تحوّل آفرینی قرار گرفته است. یعنی برای حرکت به سمت وضعیّت مطلوب باید اهداف آموزشی، تحقیقاتی، فرهنگی، از محور «نگرشی و دانشیِ » صِرف، ارتقاء یافته به محور «مهارتی » برسند؛ و در محور نگرشی و دانشی، اهداف از سطح «فهم حافظه ای » ارتقاء یافته و به سطح «فهم کاربردی » تعالی پیدا کنند و در محور مهارتی و رفتاری، اهداف از سطح «توانایی » به سطح «مهارت در اجراء» برسند.