نظریهی مهم کتاب کیمیاگری روانی آن است که مغز انسان میزبان الگوریتمهای خاصی برای خودآگاهی است. نحوهی کار این الگوریتمها در بخش ۱ کتاب بررسی خواهد شد. خواهیم دید مدارهای عصبی که فراشناخت را پشتیبانی میکنند، ناگهان از ناکجاآباد ظاهر نشدهاند. بلکه عرصهی عملکردهای ذهن رشدیافتهی انسان هستند. این بدان معناست که بسیاری از اجزای سازندهی فراشناخت در گونههای دیگر موجودات هم وجود دارد و در اوایل رشد انسان حضور دارند. ما هم فرایندهای ناخودآگاه که اجزای سازندهی خودنظارتی را شکل میدهند و هم فرایندهای هشیارانه که شما را قادر میسازد از تجربههایتان خودآگاه باشید، بررسی خواهیم کرد. بر ما روشن خواهد شد که وقتی از خودآگاهی میگوییم منظورمان مجموعهای از تواناییهاست (مانند توانایی تشخیص اشتباهات و نظر دادن راجع به تجربه) که وقتی متمرکز و جمع شوند، نتیجهاش انسان خودآگاه خواهد بود.
دلیل دیگری که نقش خودآگاهی گاهی نادیده گرفته میشود این است که به لحاظ تاریخی ثابت شده است اندازهگیری، تبیین و مطالعهی آن دشوار است. اما این روند اکنون در حال تغییر است.
شاخهای جدید از علم عصب شناسی - علم عصب شناسی فراشناختی - در حال آشکارسازی نحوهی خوداندیشی ذهن انسان است. با تلفیق آزمایشات مبتکرانه با آخرین تکنولوژی تصویربرداری مغز، اکنون در حال دریافت جزییاتی روزافزون راجع به نحوهی کار خودآگاهی هم در قالب فرایندی شناختی و هم فرایندی زیستی هستیم. همانطور که مشاهده خواهیم کرد، علم فراشناخت میتواند ما را در شناخت خودمان از همیشه بیشتر یاری بدهد.