در این کتاب ۲۶۷ مورد اختلاف فتوای فقهی حضرت امام خمینی (قدس سره) و حضرت آیتاللهالعظمی خامنهای (مدظلهالعالی) مورد بررسی قرار گرفته و در ۴۹ مورد که از حضرت امام خمینی (ره) فتوایی یافت نشده، نظر آیتالله العظمی خامنهای (مدظلهالعالی) تحت عنوان مسئلهی اختصاصی بیان شده است.
کتاب تفاوت فتاوا مشتمل بر موارد اختلاف فتاوای فقهی حضرت امام خمینی (قدّسسرّه) و حضرت آیتاللهالعظمی خامنهای (مدّظلّهالعالی) است.
عموم مقلّدین حضرت آیتاللهالعظمی خامنهای (مدّظلّهالعالی) میتوانند برای کسب اطّلاع از فتاوای معظّمٌله به آثار فقهی منتشر شده از ایشان همچون؛ رسالهٔ نماز و روزه، رسالهٔ آموزشی، رسالهٔ اجوبةالإستفتائات؛ مجموعهٔ احکام موضوعی، مناسک حج و سایر منابع موجود در تارنمای دفتر رهبر معظّم انقلاب اسلامی رجوع کنند.
در این کتاب ۲۶۷ مورد اختلاف فتوا مورد بررسی قرار گرفته و در ۴۹ مورد که از حضرت امام خمینی (قدّسسرّه) فتوایی یافت نشده؛ نظر آیتاللهالعظمی خامنهای (مدّظلّهالعالی) تحت عنوان مسئلهٔ اختصاصی بیان شده است.
برای سهولت در تشخیص موارد اختلاف، زیر قسمتهای مورد تفاوت فتوا خط کشیده شده است تا خوانندگان بسرعت به تفاوت فتوای موجود منتقل شوند.
همچنین شایان ذکر است که فتاوای حضرت آیتاللهالعظمی امام خمینی (قدّسسرّه) از کتابهای «تحریرالوسیلة»، «توضیحالمسائل»، «استفتائات» ده جلدی، «العروة الوثقی» و «مناسک حج» آورده شده و فتاوای حضرت آیتاللهالعظمی خامنهای (مدّظلّهالعالی) نیز از کتابهای «نماز و روزه»، «نماز مسافر جامع»، «اجوبةالإستفتائات»، «رسالهٔ آموزشی»، «مناسک حج» و استفتائات موجود در دفتر معظّمٌلّه گردآوری شده است.