محسن موسوی گرمارودی در کتاب اسماعیلیان آقاخانی به بیان تاریخ اسماعیلیان، زندگی، امامان و همچنین بررسی موشکافانه تاریخ آقاخانها (ائمه اسماعیلیه نزاری کنونی) پرداخته است.
این کتاب، روایتی تاریخی از فرقه اسماعیلیه است که نویسنده در آن با آمیختن تاریخ و نگاه مذهبی به دو قرن، سابقه فعالیت آنها را بیان میکند. آقاخانها در دو قرن اخیر نه فقط امامت اسماعیلیان نزاری را عهدهدار بودهاند؛ بلکه از زمان محمدشاه قاجار تاکنون در معادلات سیاسی منطقه نقش فعالانهای داشتهاند. شرح زندگی آنها که خود را از نسل رهبران الموت میدانند، از نظر مذهبی، سیاسی، سیرهنویسی و تاریخ اهمیت دارد.
نگارنده در مقدمه این اثر هدف خود از نگاشتن آن را این گونه بیان میکند: «در ایران وقتی سخن از تاریخ اسماعیلیه است، ناخودآگاه ذهنها به سمت الموت و حسن صباح کشیده میشود. شاید به همین دلیل، آثار نگاشته شده در مورد اسماعیلیان در رابطه با پیدایش اسماعیلیه و سقوط الموت است و کمتر اثری از دورههای بعد سخن گفته است. تناقضات بسیار و سوالهای زیادی هست که در این زمینه مورد تحقیق قرار گرفته است، حتی فریا استاک (نویسنده انگلیسی سفرنامه الموت، لرستان و ایلام) که همراه کربلایی عزیز رضاییگرمارودی به الموت سفر کرده بود، وقتی ارتباط آقاخان سوم با اسماعیلیه الموت را شنید، چنان متعجب شد که به سراغ اسناد محرمانه انگلیس در هند رفت.»
محسن موسوی گرمارودی که تحصیلات خود را در زمینه تاریخ اسلام گذرانده است، آثار دیگری مانند قلعه الموت، موزه کاخ گلستان و... را از خود به جای گذاشته است.
اسماعیلیه فرقهای است که در قرن دوم هجری از شیعه امامیه جدا شد. از آنجایی که امام صادق (ع) به اسماعیل فرزند بزرگش محبت بسیار داشت، عدهای از شیعیان گمان بردند که او پس از ایشان به امامت خواهد رسید، اما او ۵ سال قبل از شهادت امام صادق (ع) وفات یافت.
با وجود این جمعی از قبول مرگ اسماعیل سر باز زدند و او را غایب و همان مهدی موعود پنداشتند. عده دیگر مرگ اسماعیل را پذیرفتند اما او را همچنان امام دانستند و فرزند او محمد را امام خود قرار دادند و بعضی دیگر گفتند: «چون او (اسماعیل) شراب مسکر خورد، حضرت او را از فرزندی خود طرد و فرزند دیگر خود را جانشین ساخت.» امامان اسماعیلی تا قرن سوم پنهان و مستور بودند و به اصطلاح اسماعیلیان دوره «ستر» را میگذراندند.