متابولومیکس مطالعه علمی فرایندهای شیمیایی متابولیت هاست. بهطور خاص، متابولومیکس "مطالعه سیستماتیک اثرانگشت شیمیایی منحصر به فردی است که از فرآیندهای خاص سلولی بجا مانده است"، به عبارتی مطالعه پروفایلهای متابولیتی مولکولهای کوچک میباشد . متابولوم نشان دهنده مجموعه تمام متابولیتها در درون یک سلول، بافت، ارگان یا ارگانیسم بیولوژیک است ومحصول نهایی پروسههای سلولی هستند. دادههای mRNA و پروتئومیکس، محصولات ژنی تولید شده در سلول را نشان میدهد که یک جنبه از عملکرد سلولی است. در صورتی که پروفایل متابولیکس عکسبرداری لحظه ای از وضعیت فیزیولوژیک سلول را فراهم میکند. امروزه یکی از چالشهای بزرگ سیستم بیولوژی، ترکیب دادههای بزرگ پروتئومیکس، ترانسکرپتومیکس و متابولومیکس برای درک بهتر شناخت سلول و یا سیستمها میباشد .