کتاب در انتظار ولی اعظم مجموعه مباحثی درباره امام مهدی(عج) و ابعاد مختلف مهدویت از منظر قرآن، روایات و دیدگاههای امام خمینی و آیتالله سید علی خامنهای رهبر انقلاب اسلامی است. در این نوشتار ابتدا به معرفی امام زمان(عج) و ویژگیهای ایشان به عنوان منجی موعود پرداخته شده و دیدگاه تمامی ادیان در مورد منجی عادل منعکس شده است.
آنگاه به بررسی ابعاد و آثار اعتقاد به مهدویت و آفات مربوط به آن پرداخته شده و ویژگیهای دوران ظهور مانند گسترش عدالت، هدایت و امنیت عمومی، مردمسالاری و از بین رفتن همه اختلافات بیان گردیده است. در ادامه مفهوم انتظار فرج و وظایف منتظران مانند کسب آمادگی برای سربازی امام مهدی، تلاش برای اصلاح امور اجتماعی و زمینهسازی برای ظهور و کارهای فرهنگی و تبلیغی بیان گردیده و سؤالات و شبهاتی پیرامون مهدویت و برداشتهای انحرافی از آن پاسخ داده شده است. بحث درباره ولایت فقیه و نیابت عام امام زمان(عج) ضرورت پیروی از ولی فقیه و بیان اختیارات ولی فقیه در امر حکومتداری از مباحث پایانی این کتاب است.
در روایات ما ، بیش از صد آیه از قرآن کریم به مصلح کل، حضرت بقیه الله (ارواحنا فداه) تفسیر شده است . بسیاری از علمای بزرگ شیعه نیز کتاب هایی را دراین باره نگاشته اند؛ از جمله عالم جلیل القدر سیدهاشم بحرانی، در المحجة فیما نزل فی القائم الحجة (ع) به 120 آیه از قرآن کریم اشاره کرده اند که این آیات ، به استناد احادیث وارده از معصومان (ع) به ظهور حضرت مهدی (ارواحنا فداه) تفسیر شده است.