«مجموعه تطهیر با جاری قرآن» تفسیر تعدادی از سورههای قرآن با روشی نوین است که در سی و یک جلد به چاپ رسیده است.
در این مجموعه، مولف سعی کرده تا با توجه به نارسایی و جوابگو نبودن روشهای مجموعی و موضوعی و واژهای در تفسیر قرآن، اعم از روشهای جدید و قدیم و هم چنین ناقص بودن روش کار با قرآن با توجه به شان نزول و تاریخ نزول و با توجه به تفاسیر و اقوال و تداعی و معانی و جریان عمل، راه و روشی نو، در رابطه با کار قرآن و تفسیر آن، ارائه دهد. این روش، با توجه به سه اصل: درک ضرورت و نیاز به قرآن، شناخت مواضع آیه ها و تلاوت آن ها در جایگاه خویش و جریان رویش انسان، نه جریان عمل، به مفردات و بررسی کلمه ها و جمله ها، به ترکیب و شروع و ختم آیه ها به روابط و بررسی ارتباط آیات با همدیگر، به فضای آیات و جایگاه آن ها، توجه دارد.
در کتاب تطهیر با جاری قرآن (جلد سوم)، استاد علی صفایی به تفسیر سورههای آلعمران، مدثر، انشراح، تین و … پرداخته است.درمجموع، بیست و دو سوره قرآن در این جلد تفسیر شده است. این جلد متفاوت از دو جلد قبلی است و استاد در این جلد بصورت مفصل از سورههای مذکور بحث نکردهاند، بلکه مجموعه حاضر، نتیجه جمعآوری نوشتههای پراکنده از دستنوشتههای ایشان است.
آدمی آنجا که بساط خود را پهن می کند و رفاه و امن و آزادی را می خواهد، دیگر نمی تواند بانگ رحیل و شور هجرت و فریاد جهاد و درگیری و برخورد و مرگ و رنج را تحمل کند و دیگر نمی تواند شلوغی کافه را ببیند و طبیعی است که از رسول تقاضای مراعات کند، که یا رسول اللّه! تخفیف بدهید و سخت نگیرید تا نفسی بکشیم وآرام بگیریم.
امّا اگر برای غیب و شهادت برنامه داشته باشد، پس ناچار به وحی روی می آورد و از رسول می خواهد. هم نظر و دید رسول را و هم نظارت و مدیریت رسول را می خواهد؛ چون مدیریت علمی از حوزه تجربه و شهادت بالاتر نمی رود در حالی که حوزه مطلوب این وجود، هر دو مرحله مشهود و غیب است که به غیب و آخرت و اللّه روی آورده اند و در محدوده ها بی قرارند و برای این وسعتِ بیش از تجربه و مشهود، چاره ای جز نظرخواهی و نظارت پذیری از رسول نیست، که اضطرار به وحی جایگزین انتظار از وحی است و دستور «انْظُرُوا وَ اسْمَعُوا» حاکم است و تهدید رنج و درد به دنبال کفر و چشم پوشی از قدر و غیب و اللّه و یوم الآخر و وحی در میان است.